W budynku recepcyjnym Domu Pielgrzyma w Czernej znajdować się będzie również Muzeum misyjne, które dotychczas było umiejscowione w zachodnim skrzydle klasztoru. Dokumentuje ono 44-letnią posługę karmelitów bosych w Burundi i Rwandzie, a także zawiera wiele ciekawych eksponatów dotyczących życia codziennego, edukacji, sztuki czy świata przyrody, pochodzących z Afryki. Nowa aranżacja Muzeum misyjnego dokona się przy współpracy z Biurem Misyjnym, które już teraz zwraca się z prośbą o przekazywanie eksponatów związanych z naszymi Karmelitańskimi Misjami.

Otwarcie nowego Muzeum Misyjnego jest przewidziane na początek 2017 roku.